おきらくな仮説です。
ストーリーの展開上、ネギ達は麻帆良学園に帰ることになるでしょう。
つまり、
・オスティアのゲートは無事 もしくは、
・隠しゲートが存在する ……ということになります。
●オスティアのゲートは無事 ってことは、
・ゲートが開きっぱの状態になる
フェイトの作戦目的は、現実世界と魔法世界の間に通路を恒常的に開くことで、それに成功した、ということになり、結果的にネギ達は帰ることが出来るわけですね。
・そもそもゲートは破壊されない
フェイト達の作戦目的と結果から考えて、ゲートポートの破壊は視野に入っていない、もしくは、ネギ達の活躍の影響によってゲートが破壊されなかった、と考えられます。例外的には、ゲートは壊れたけど、タカミチ達のように一度だけ帰るチャンスがあって、その後の数年間は魔法世界とは行き来することが出来なくなるとか。
・ネギ達がフェイトに勝利
これは結果的にゲートの破壊などを完全阻止する、ということですね。
●隠しゲートが存在する ってことは、
・オスティアのゲートは破壊されてる
フェイト達の作戦は成功したのか中途半端かは分かりませんが、ゲートも一緒に破壊されてしまいます。
しかし、マギステル・マギのみに教えられる秘密のゲートポートだか何だかが存在していて、ネギ達は麻帆良学園に帰ることができるわけです。その際、フェイト達は現実世界側に脱出しているか何かで追い掛けることになるわけです。
…………てなことになるのではないかと。
（かるくまとめ）
●オスティアのゲートは無事
・ゲートが開きっぱの状態に（フェイト勝ち）
・そもそもゲートは破壊されない（どちらとも言えない）
・ネギ達がフェイトに勝利（フェイト負け）
●隠しゲートが存在する
・オスティアのゲートは破壊されてる（フェイト勝ち）
……しかし、フェイトの作戦が成功するということは、ある側面では「世界が破滅することを意味している」わけですよね。あんまり勝たせたくないんですが（笑）
話題の「エクソダス阻止」の観点から考えると、
魔法世界ってのが実は数億年前の過去に存在した実際の火星で、これから天災だかフェイト達の作戦だかで破滅する運命にあり、数億年経過すると現在の火星の状態（位置とか荒廃っぷりとか）に至る……という展開が考えられるわけですね。
だけど、フェイト達の作戦ってエクソダス阻止を目的にしているというよりは、どう考えたってエクソダスの原因そのものだろ？ということですよね。
次に超鈴音について考えてみると、
彼女は魔法世界と現実世界の戦いを暗示する存在なわけです。
現実世界の「魔法バレ作戦」により「魔法を自明のものと捉える」ことで拒否反応をなくし、現実世界人の側に受け入れ態勢を作る、もしくは、魔法世界人との生存競争で準備を整え勝利する……といった展開が考えられます。どちらかといえば、前者でしょうね。
人類は火星に到達してもまだ戦いを続けている。ということは、この２つの人類には棲み分けが必要だったのかもしれません。超は「終わり無き闘争」の「根源」を断つことを願ったと考えられ、それは「魔法に対する認識の違い」だと考えた……とするのは自然なことのように思えます。
この辺りは、「当たらずとも遠からず」なのではないかと。
……すると、フェイトの作戦は成功したことになりませんか？
フェイトの作戦は成功したけど、ネギ達は麻帆良学園に帰還することが出来た、という歴史っぽくなってくるわけですね。
で、最近思いついた仮説を一つ。
○魔力枯渇作戦
魔法世界が古代の火星かどうかはともかく、
「魔力の対流」と「黄昏の姫御子」という二つの要素を並べた時、一番シンプルな答えは、魔法世界の魔力を枯渇させてしまうことではないか？と思うわけです。魔力の対流をアスナが全て打ち消してしまう。これなら世界が破滅することになりますしね。
魔法世界は、不安定な世界です。
あり得ないサイズの魔獣が闊歩してたり、一般人ではどうにもならない能力の人間に簡単に蹂躙されてしまう場所とも言えます。これは魔法とその源である魔力に原因があると言えるでしょう。魔力が失われれば、魔獣の類いは生命を維持できなくなり、死滅していくと思われます。後は、人間は旧世界がそうであるように、科学を持つことで自然に対抗する力を得ることができる……とかなんとか理屈を付けることはそう難しくはないでしょう。
超は魔法に対する認識を問題とし、フェイト達は魔法そのものを問題と見做した……とかって展開ですね。
結果、魔法使い達は魔法を使える世界に進出しようとし、魔法世界の政治的には「魔力の源」を移植しようと考える。麻帆良学園で言えば、世界樹を引っこ抜いて魔法世界に移植しようとする……みたいな（笑）
まぁ、ちょっとあり得ない展開ですね（笑）
勿体無いのは、折角の魔法世界という設定を使い潰してしまう点です。
魔法世界の設定を残そうと考えた場合、
フェイトの作戦を潰しても潰さなくても、超の歴史が変わらなかったのではないか？という想像が必要になります。つまり、２つの出来事は無関係とか、影響はあっても関係は薄いとするのです。
○魔女狩りの歴史、再び
現実世界と魔法世界の敵対関係は、大きな歴史上の問題であって、もめたり、落ち着いたりは一定周期の波のような関係にあると考えてみると、現在たまたま魔法世界側が孤立主義を取っているだけで、遠くない未来には現実世界と魔法世界は戦いの歴史に突入する流れにある、とするわけです。
これだとフェイトの作戦が成功しようが失敗しようがあまり関係ないことになります。引き金の一つぐらいにはなっているかもしれませんが。
麻帆良学園のクラスメイト達やアリアドネーの生徒らは異世界交流の先駆けとして象徴的な存在になるかもしれませんね。ネギがハッピーエンドに向けて改変する世界では、悲しい歴史は存在しつつも、真に深刻な世界とはせずに済むかもしれないわけです。
●残された謎――第三世界人（？）
ナギやアルビレオ、ガトウのことを考えると、
現実世界人・魔法世界人の他に、第三の存在が居るのかもしれません。また、それはザジの正体に関係しているかもしれません。
魔法世界の英雄である彼らに深刻なダメージを与えうる存在。
その者達は、何故、牙を向けたのでしょう。
例えば、ラカンの知るアーウェルンクス（フェイトの親玉の方）は魔法世界の住人ではないのかも？とかね。
やはり、最後は「神話の戦い」が再現されるのかもしれませんね。
